Il giovane Alessio Pantaloni si allontanò da Santa Fiora nel 1907 per raggiungere La Verna (Arezzo) dove, superato l’anno di prova, vestì l’abito dei francescani. Alessio cambiò ufficialmente la residenza il 26 settembre1912 e dal natio comune si trasferì a Siena presso il convento di San Bernardino noto con l’appellativo convento dell’Osservanza: una dimora grandiosa e splendida del sec. XV voluta ed abitata da San Bernardino da Siena. Questa stupenda architettura di fine medioevo ha sicuramente esercitato il suo positivo fascino sul giovane Alessio. Solenni ed eleganti sono ancora gli spazi della Chiesa, della cripta, del refettorio, del chiostro.
Qui all’Osservanza di Siena nel 1914 il giovane Alessio emise la Professione solenne nell’Ordine dei Frati Minori e qui il 14 luglio dello stesso anno ricevette l’Ordinazione sacerdotale assumendo il nome religioso di Raffaello.
A Siena padre Raffaello Pantaloni frequentò l’Accademia delle Belle Arti e conseguì l’abilitazione all’insegnamento del disegno nelle scuole di Stato.
La cronaca conventuale del convento di Sant’Antonio a Fulgenzio registra in data 26 novembre 1926 la volontà dei Frati Minori di Lecce di far decorare la loro chiesa costruita nel 1901 e consacrata nel 1910. Il preventivo di spesa era di lire 20.000. Gli artisti che ricevettero la commissione di pitturare la chiesa di Fulgenzio furono due frati toscani: padre Antonio Jerone e padre Raffaello Pantaloni.
La chiesa di Fulgenzio presenta una pianta a croce latina ed un impianto architettonico un po’ fuori del comune in rapporto alla luce: i bracci corti della croce latina infatti risultano privi di finestre e dunque privi di luce. Proprio qui sono stati eretti i tre più importanti altari (o cappelloni ): quello centrale dedicato a sant’ Antonio di Padova, quello di destra dedicato a san Francesco d’Assisi e quello a sinistra dedicato alla Vergine Immacolata.
I lavori di pittura ebbero inizio dal cappellone dedicato a San Francesco d’Assisi nella ricorrenza del settimo centenario dalla morte del Santo di Assisi (1926). Ben presto sul campo restò solo padre Raffaello Pantaloni il quale da solo pose la firma sotto la raffigurazione di San Francesco d’Assisi dinnanzi al Sultano d’Egitto.
Nel 1938 il padre Raffaello Pantaloni si concesse una pausa e raggiunse Tangeri in Marocco per eseguire nella chiesa dei frati minori dedicata a San Francesco d’Assisi alcune vetrate e la raffigurazione del Battesimo di Gesù nella acque del Giordano.